В 2014 году Бердников баллотировался в думу шестого созыва по округу №18 как самовыдвиженец. Фаворитом гонки считался кандидат «Единой России» Дмитрий Турушев, но его регистрацию отменили. Бердников избрался депутатом, получив поддержку 57,92% избирателей. На первом заседании 26 сентября единогласно избран председателем городского парламента.
В конце 2014 года депутаты гордумы попросили экс-зампреда заксобрания Андрея Лабыгина выйти с инициативой о смене модели определения. Сначала предполагалось, что в Иркутске будет введён институт сити-менеджера с мэром - председателем гордумы и главой администрации. Но в начале 2015-го решили, что глава будет избираться из числа депутатов.
26 марта закончились полномочия мэра Виктора Кондрашова, победившего в 2010-м благодаря протестному голосованию. На следующий день, 27 марта, депутаты думы избрали Бердникова мэром Иркутска.
В интервью ИА «Иркутск онлайн» от 20 мая 2015 года
среди своих задач он называл выведение из кризиса муниципальных унитарных предприятий, строительство соцобъектов, особенно – школ и детских садов, создание доступной среды. Бердников планировал реализовать проекты по реконструкции Покровской развязки, благоустройству парка «Комсомольский», Иерусалимской горы, переносу зоогалереи, развитию территории бывшего ИВВАИУ, а также помочь застройщикам, в частности ФСК «Новый город», в развитии Малой Елани.
В интервью
исполнительному директору телекомпании АИСТ Павлу Степанову в конце 2019 года Бердников заявил, что его мать, Альбина Ковалёва, не вмешивалась в выборы мэра Иркутска. Так же он отрицал связь с силовыми ведомствами.